Свою трудовую деятельность после окончания ТГМУ им. Абуали Ибн Сино в 1995 году, начал ассистентом кафедры «Травматология и ортопедия» Худжанского филлиала ТГМУ.

С 2004 по 2006 г. Проходил клиническую ординатуру в Российской Федерации, г.Новокузнецк, Институт усовершенствования врачей, на кафедре травматологии и ортопедии. По окончании начал заведовать отделением взрослой травматологии и ортопедии ГКБ No1 им. Урунова С., г. Худжанда по 2019.

Главный специалист управления здравоохранения Согдийской области по травматологии и ортопедии. Кандидат медицинских наук

С 2007 по 2019 годы заведовал отделением взрослой травматологии и ортопедии ГКБ No1 г. Худжанда.

С 2007 года им внедрен 21 видов новых современных методов лечения пациентов с различными травмами и ортопедическими заболеваниями в масштабах Согдийской области. Он одним из первых в нашей стране внедрил эндопротезирование тазобедренного и коленного сустава.

В феврале 2009 года успешно защитил кандидатскую диссертацию на базе кафедры травматологии, ортпедии и медицина катасроф МГМСУ им А.И Евдокимова г. Москвы.

Является автором 10 научных работ, учебного пособия, 2 изобретений За свою карьеру Зиябаев Шухрат Амонович прошел курсы повышения квалификации в городах Новокузнецк, Новосибирск, Москва, Санкт-Петербург, Вашава, Алма-Ата, Екатеринбург, Тблиси, Сан-Франциско(США)